Postdoc in mass spectrometry and deep learning

Institut for Klinisk Medicin ved Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet, Aarhus Universitet, inviterer ansøgere til en stilling som Postdoc inden for klinisk bioinformatik pr. 15. september 2026 eller snarest derefter. Stillingen er en tidsbegrænset fuldtidsstilling på 3 år.

Institut for Klinisk Medicin, Sektion for Bioinformatik og Computational Biologi

Som Postdoc ved Institut for Klinisk Medicin bliver du en del af, hvad der sandsynligvis er Danmarks største sundhedsvidenskabelige forskningsafdeling. Aarhus Universitets kliniske forskning dækker alle medicinske specialer og foregår i tæt samarbejde med universitetshospitalet og de regionale hospitaler i Region Midtjylland. Aarhus Universitet har cirka 30.000 kvadratmeter moderne forskningsfaciliteter til eksperimentel kirurgi og medicin, dyrefaciliteter og avancerede scannere til rådighed.

Afdelingen har det overordnede ansvar for kandidatuddannelserne i medicin og molekylær medicin. Ved instituttet er Aarhus Universitet cirka 670 videnskabelige medarbejdere, 500 ph.d.-studerende og 160 teknisk/administrative medarbejdere, der samarbejder på tværs af discipliner. Du kan læse mere om instituttet her og om fakultetet her.

Din daglige arbejdsplads vil være ved Sektion for Bioinformatik og Computational Biologi (BiRC, www.birc.au.dk), beliggende i Universitetsbyen (Aarhus Universitets Campus). Aarhus Universitet er en gruppe forskere og studerende med baggrund inden for en række forskellige discipliner, herunder biologi, molekylærbiologi, statistik, kemi og datalogi.

Om forskningsprojektet

Aarhus Universitet søger en postdoktoral forsker til at tilslutte sig et tværfagligt team, der udvikler deep learning-modeller til detektion af antimikrobiel resistens (AMR) direkte fra MALDI-TOF massespektrometri-data. Projektet er finansieret gennem ODIN Grant-programmet og er indlejret i et bredere initiativ (AIMS), der spænder over klinisk diagnostik, bioinformatik og massespektrometri-metodologi. Det kombinerer umiddelbar klinisk relevans med metodologisk nyhed, i samarbejde med klinisk mikrobiologi ved Aarhus Universitetshospital, som producerer tusindvis af MALDI-MS-prøver årligt, og med planlagt validering af modeller, når nye prøver ankommer.

Nøgleretninger inden for forskningen omfatter nye MS-datafremstillinger (der bevæger sig ud over binned spektra mod f.eks. lydspektrogramkodninger eller lærte indlejringer), forklarbar AI, der omsætter modeloutput til fortolkelige visualiseringer for kliniske mikrobiologer og kemikere, platformsuafhængig generalisering til højopløselig MALDI (MALDI-2, timsTOF) og LC-MS, samt biologiske udvidelser som sjældne infektioner, fungal AMR og sepsisapplikationer. To postdocs i projektet bidrager til hinandens arbejde og deler co-first authorship på tværs af en fælles publikationspipeline.

Dine arbejdsopgaver

Som Postdoc inden for AI-drevet detektion af antimikrobiel resistens via massespektrometri er din stilling primært forskningsbaseret, men kan også involvere undervisningsopgaver. Du vil bidrage til udviklingen af instituttet gennem forskning af høj international kvalitet. I dit daglige arbejde vil du arbejde tæt sammen med kolleger om dit projekt, hvor du vil modtage supervision og vejledning.

Dine hovedopgaver vil bestå af:

• Uafhængig forskning af høj international kvalitet, herunder publikation.
• Udvikling og benchmarking af deep learning-modeller (PyTorch eller tilsvarende) til AMR-detektion fra MALDI-TOF massespektrometri-data, i samarbejde med klinisk mikrobiologi ved Aarhus Universitetshospital.
• Udforskning af nye MS-datafremstillinger ud over binned spektra, såsom lydspektrogramkodninger eller lærte indlejringer, og udvikling af forklarbar AI-metoder, der omsætter modeloutput til fortolkelige visualiseringer for klinikere og kemikere.
• Udvidelse af metoder til højopløselige MALDI (MALDI-2, timsTOF) og LC-MS platforme tilgængelige ved Aarhus Universitet.
• Samarbejde med både universitetsforskere, kliniske forskere og to involverede virksomheder.
• Skrivning af veldokumenteret, reproducerbar kode og bidrag til open-source Python-pakker udgivet sammen med metodeartiklerne, herunder tæt samarbejde med den anden postdoc om en fælles publikationspipeline.

Du vil referere til AIMS' hovedansvarlige forsker: Lektor Palle Villesen.

Dine kompetencer

Du har akademiske kvalifikationer på ph.d.-niveau, for eksempel inden for bioinformatik, datalogi, computer science eller et andet kvantitativt felt, med en ægte interesse for spektrale data. Du nyder at gentage praktiske ideer, men gør det på en struktureret, veldokumenteret måde, der understøtter benchmarking, reproducerbarhed og genbrug af andre.

• Stærke dataanalyse- og maskinlæringsevner samt erfaring med PyTorch (eller tilsvarende frameworks).
• Praktisk erfaring med datarepræsentation og indlejringer, ideelt anvendt på spektrale, tidsserie- eller signal-lignende data.
• Fortrolighed med Git/GitHub, struktureret projektorganisation og skrivning af kode dokumenteret tilstrækkeligt til at understøtte benchmarking og Python-pakkeudvikling.
• En pragmatisk, iterativ tankegang – prioritering af det, der virker empirisk og er testbart, frem for rent teoretisk korrekthed.

• Erfaring med højtydende computing (HPC).
• Tidligere erfaring med massespektrometri, omics, audio eller andre højdimensionelle strukturerede data.
• Interesse for open source-softwareudvikling; Aarhus Universitet planlægger at udgive Python-pakker sammen med metodeartiklerne og værdsætter bidrag, som det bredere samfund kan bygge videre på.

Som person har du gode interpersonelle færdigheder, er inkluderende og teamorienteret og i stand til at bidrage til et godt arbejdsmiljø. Aarhus Universitet forventer, at du er flydende i mundtlig og skriftlig engelsk.

For at blive vurderet som kvalificeret til en Postdoc-stilling skal du opfylde disse akademiske kriterier.

Der vil blive foretaget en shortlisting.

Spørgsmål om stillingen

Hvis du har spørgsmål til stillingen, bedes du kontakte Palle Villesen, tlf.: (+45) 24471214.

Din arbejdsplads vil være Institut for Klinisk Medicin/bioinformatik, Universitetsbyen 81, DK-8000 Aarhus C, Danmark.

Aarhus Universitet forventer at afholde interviews i midten af august.

Ansættelsesvilkår

• Ansættelse som postdoc kræver akademiske kvalifikationer på ph.d.-niveau.
• Yderligere information om ansættelsesproceduren kan findes i Ministeriel Bekendtgørelse om ansættelse af videnskabeligt personale ved universiteter.
• Ansættelsen sker i overensstemmelse med Akademikerne.
• Løn fastsættes i overensstemmelse med ovenstående og lønaftalekataloget for personale ved Health.
• Den årlige grundløn for en fuldtids postdoc er mellem DKK 493.394,35 og DKK 585.322,48 afhængigt af antal års erhvervserfaring efter opnået kandidatgrad. Grundlønnen inkluderer et stillingsrelateret tillæg og pension (18,07 %). Yderligere tillæg for særlige kvalifikationer kan forhandles. Autorisationstillæg vil blive tildelt, hvis relevant for stillingen. Din lokale berettigede fagforeningsrepræsentant ved Aarhus Universitet forhandler din løn på dine vegne.
• Forskere rekrutteret fra udlandet tilbydes en særlig forskerskatteordning med en lavere skattesats.

Yderligere information om kvalifikationskrav og stillingsbeskrivelse kan findes i Ministeriel Bekendtgørelse om stillingsstruktur for videnskabeligt personale.

Ansøgning

Din ansøgning skal indeholde følgende:

• Motiveret ansøgning
• Curriculum Vitae
• Eksamensbevis
• Ansøgningsskabelon - postdoc
• En publikationsliste
• En undervisningsportfolio. Aarhus Universitet henviser til Retningslinjer for brug af undervisningsportfolios
• Maksimalt fem af de publikationer, der er mest relevante for jobbet, kan indsendes (valgfrit)
• Forskningsplan kan uploades (valgfrit)
• Medforfattererklæring(er) kan uploades (valgfrit)
• Referencer/anbefalinger kan uploades separat i e-rekrutteringssystemet (valgfrit)

Aarhus Universitet henviser til fakultetets Retningslinjer for ansøgere.

Aarhus Universitets ambition er at være en attraktiv og inspirerende arbejdsplads for alle og at fremme en kultur, hvor hver enkelt har mulighed for at trives, opnå og udvikle sig. Aarhus Universitet anser ligestilling og mangfoldighed som aktiver, og Aarhus Universitet byder alle ansøgere velkommen.

International ansøger?

Aarhus Universitet tilbyder en bred vifte af tjenester til internationale forskere og medfølgende familier, herunder assistance med flytning og karrierevejledning til medfølgende partnere. Du kan finde mere information om International Staff Office og de forskellige tjenester her. Aarhus Universitet har også en Junior Researcher Association og tilbyder karriereudviklingsstøtte. Du kan læse mere om disse ressourcer her.

Ansøgningen skal indsendes via Aarhus Universitets rekrutteringssystem, som kan tilgås under jobannoncen på Aarhus Universitets hjemmeside.